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肺的空間分辨圖譜展示了腺體相關(guān)的免疫生態(tài)位 ,MB產(chǎn)品助力科研

更新時(shí)間:2023-03-01  |  點(diǎn)擊率:674

全面了解界定肺功能的細(xì)胞和微環(huán)境對(duì)于減少肺部疾病的影響非常重要,目前肺部疾病在全球死亡原因中占比明顯。肺除了主要的氣體交換功能外,還有重要的屏障功能。雖然其他粘膜屏障組織通過明確的粘膜相關(guān)淋巴組織(MALT)調(diào)節(jié)適應(yīng)性免疫,但在健康人類肺部尚未報(bào)道這種次級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)。LungMAP和人類肺細(xì)胞圖譜(HLCA)聯(lián)盟利用了單細(xì)胞和單核RNA測(cè)序(scRNA-seq和snRNA-seq)的最新進(jìn)展,并生成了許多描述跨物種、健康和疾病的肺細(xì)胞類型的圖譜。

目前的圖譜優(yōu)先考慮實(shí)質(zhì)組織,很少有研究檢查氣道的全深度。研究人員從死亡器官捐贈(zèng)者的健康肺和氣道中進(jìn)行了深層組織分析,允許沿著呼吸樹的近端到遠(yuǎn)端軸描述細(xì)胞類型。

相關(guān)研究發(fā)表在《Nature Genetics》上,文章標(biāo)題為:“A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche"。

研究人員使用無偏空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)方法,在健康人類肺和氣道的組織微環(huán)境中對(duì)細(xì)胞類型和狀態(tài)進(jìn)行背景分析,為HLCA添加了一個(gè)關(guān)鍵維度。

總的來說,共測(cè)序了129,340個(gè)單細(xì)胞和63,768個(gè)單核,并對(duì)來自人類氣管、支氣管和上下薄壁的20個(gè)組織切片進(jìn)行了Visium ST。這些數(shù)據(jù)和CellTypist自動(dòng)注釋模型可在lungcellatlas.org上獲得,作為數(shù)據(jù)下載、懸浮和空間基因表達(dá)分析的資源,以及新數(shù)據(jù)集的自動(dòng)注釋。

研究人員區(qū)分了80種細(xì)胞類型和狀態(tài),其中包括11種在以前的肺圖譜研究中未注釋的細(xì)胞群。這些人群中許多表達(dá)功能性全基因組關(guān)聯(lián)研究(fGWAS)分析突出的疾病相關(guān)基因。我們深入的組織分析與空間基因組學(xué)結(jié)合,在全分子寬度上重建了肺和氣道中的已知組織微環(huán)境。超越已知的細(xì)胞組織單位,我們?cè)跉獾勒衬は孪?SMG)確定了IgA漿細(xì)胞先前未定義的免疫生態(tài)位。

分子相關(guān)實(shí)驗(yàn)室,需要經(jīng)常對(duì)環(huán)境中的DNA、RNA及DNA酶、RNA酶進(jìn)行高效清除及控制,推薦使用MB公司的PCR Clean,即用型產(chǎn)品,保障分子實(shí)驗(yàn)結(jié)果的穩(wěn)定。


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