分子生物學實驗，需要定期清潔實驗環(huán)境，德國MB公司的PCR Clean，高效清除實驗室中的DNA、DNA酶、RNA、RNA酶污染。

測序數據庫的系統(tǒng)挖掘是發(fā)現蛋白質家族和功能系統(tǒng)的有力方法。這種方法已經發(fā)現了多種CRISPR-Cas系統(tǒng)，這些系統(tǒng)是微生物rna引導的適應性免疫系統(tǒng)，已成為幾種分子技術的基礎，特別是可編程基因組編輯。然而，現有的序列挖掘方法落后于現在包含數十億蛋白質的指數增長數據庫，這限制了罕見蛋白質家族和關聯(lián)的發(fā)現。

研究人員試圖在所有現有的公開可用的測序數據中全面列舉crispr相關的基因模塊。最近，一些以前未知的生化活動與CRISPR系統(tǒng)的可編程核酸識別有關，包括轉位和蛋白酶活性。我們推斷，更多不同的酶活性可能與CRISPR系統(tǒng)相關，其中許多可能在現有序列數據庫中豐度較低。

相關研究發(fā)表在《Science》上，文章標題為：“Uncovering the functional diversity of rare CRISPR-Cas systems with deep terascale clustering"。

科研人員開發(fā)了基于位置敏感哈希的快速聚類(FLSHclust)，這是一種基于位置敏感哈希的線性縮放的并行深度聚類算法。FLSHclust在聚類性能上接近黃金標準的二次縮放算法MMseqs2?？蒲腥藛T將FLSHclust應用于一個敏感的CRISPR發(fā)現管道，并確定了188個以前未報道的CRISPR相關系統(tǒng)，包括許多罕見的系統(tǒng)。

科研人員對新發(fā)現的四個系統(tǒng)進行了實驗表征。研究人員檢測了在crispr相關DNA損傷誘導基因G (DinG)樣解旋酶中插入HNH核酸酶結構域的IV型系統(tǒng)。研究發(fā)現該系統(tǒng)表現出rna引導的原間隔器鄰近基序(PAM)依賴的定向雙鏈DNA (dsDNA)降解，這需要三磷酸腺苷(ATP)水解和DinG-HNH蛋白的HNH核酸酶功能。這是具有特定干擾機制的IV型系統(tǒng)的演示。研究鑒定了兩種I型系統(tǒng)，它們含有插入在Cascade的不同亞基(Cas8-HNH和Cas5-HNH)中的HNH核酸酶結構域。研究發(fā)現這兩個系統(tǒng)都進行精確的雙鏈DNA切割和單鏈DNA (ssDNA)切割。科研人員還觀察到Cas5-HNH系統(tǒng)對ssDNA的側支切割?？蒲腥藛T證明了這兩種系統(tǒng)都可以應用于人類細胞的基因組編輯，并且Cas8-HNH系統(tǒng)具有高度特異性。我們還研究了候選的VII型系統(tǒng)，包括一個最小的Cas7-Cas5效應復合物和一個干擾蛋白，包括一個β-CASP結構域。這些新發(fā)現的系統(tǒng)可能來源于III-E型CRISPR系統(tǒng)，并且是RNA靶向的。

研究發(fā)現的其他CRISPR連接系統(tǒng)，包括額外的潛在效應和適應成分，兩個以前未知的Mu轉座子與CRISPR系統(tǒng)的關聯(lián)，以及許多新發(fā)現的與V型系統(tǒng)相關的蛋白質和結構域。我們還發(fā)現了Cas9作為抗crispr機制的潛在共選擇實例，并注意到幾個非crispr高變量有規(guī)律地穿插重復序列。