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PCR Clean科研實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)

更新時(shí)間:2020-10-16  |  點(diǎn)擊率:1016

PCR Clean™是一款即用型工作液,用于去除PCR工作臺(tái)、實(shí)驗(yàn)室機(jī)電產(chǎn)品和設(shè)備表面上留存的核酸。該工作液包含一種表面活性劑和一種非堿性非致癌性試劑。在這項(xiàng)研究中,我們針對(duì)不同的表面上留存的不同類型的核酸,檢查了PCR Clean™的使用效果和效率,并和其他的幾種去除劑進(jìn)行了比較。

 

實(shí)驗(yàn)過程

 

1、去除不同表面上的DNA擴(kuò)增片段

 

我們用大腸桿菌O104和O157的DNA擴(kuò)增片段,檢查了PCR Clean™對(duì)DNA污染的去除效率,并和其他幾種去除試劑進(jìn)行了比較。我們?cè)谒芰媳∧?、玻璃表面和千思板(常用于?shí)驗(yàn)工作區(qū)臺(tái)面,Trespa®品牌)滴加了2μl(0.2 ng)大腸桿菌O104 DNA,在Plexiglas®(樹脂玻璃)和鋁表面滴加了2μl(0.2ng)大腸桿菌O157 DNA。待DNA*風(fēng)干后,用蘸有PCR Clean™或一種稀釋的洗潔精、70%乙醇、異丙醇、水的紙巾擦拭去除,或者用干紙巾擦拭去除。隨后用一個(gè)干凈潮濕的拭子在該區(qū)域表面涂拭取樣。另取0.05 ng大腸桿菌O104 DNA或0.2 ng大腸桿菌O104 DNA作為陽性對(duì)照,加入250l PCR級(jí)別水溶解,其抽提方式和其他樣品一樣。

 

2、去除鋁表面的基因組DNA和質(zhì)粒DNA

 

在鋁表面滴加2μl(2X106拷貝數(shù))大腸桿菌基因組DNA或質(zhì)粒DNA測(cè)試。PCR Clean™與蘸水的濕紙巾或干紙巾對(duì)照。

 

3、去除Plexiglas®(樹脂玻璃)表面上的RNA

 

在Plexiglas®表面6個(gè)點(diǎn)分別滴加5g(11μl)RNA進(jìn)行測(cè)試。取樣后的RNA作逆轉(zhuǎn)錄和qPCR。

 

4、DNA抽提和qPCR擴(kuò)增

 

拭子上的DNA采用SwabUp™ Lab Monitoring試劑盒進(jìn)行抽提。所有收集的樣本DNA和陽性對(duì)照抽提的方式相同。隨后進(jìn)行qPCR。

 

檢驗(yàn)結(jié)果

 

1、去除不同表面的DNA擴(kuò)增片段

 

結(jié)果顯示,和其他幾種清除劑相比,PCR Clean™的對(duì)擴(kuò)增的DNA段去除的更多(見表1),效果jia(見圖1),Ct值更高。

 

表1:與其他清除劑相比,使用PCR Clean™后,qPCR測(cè)定的細(xì)菌DNA擴(kuò)增片段的Ct值

 

 

 

圖1:采用不同的清除劑,對(duì) A.樹脂玻璃®、B.鋁、C.千思板®、D.玻璃和E.塑料薄膜上的大腸桿菌DNA擴(kuò)增片段去除后,qPCR的擴(kuò)增曲線

 

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2、去除鋁表面的基因組DNA和質(zhì)粒DNA

 

結(jié)果顯示,與水和干紙巾相比,含PCR Clean™的濕巾對(duì)基因組DNA和質(zhì)粒DNA有更多的去除(見表2)。Ct值(圖2,A,B)更高,提示DNA量有大幅下降。

表2:與水和干紙巾相比,使用PCR Clean™后,qPCR測(cè)定的鋁表面基因組DNA或質(zhì)粒DNA的Ct值

 

 

 

圖2:采用PCR Clean™、水或干紙巾去除鋁表面的大腸桿菌基因組DNA或大腸桿菌質(zhì)粒DNA后的qPCR擴(kuò)增曲線

 

 

 

3、去除Plexiglas®(樹脂玻璃)表面的RNA

 

和其他幾種清除劑相比,PCR Clean™對(duì)Plexiglas®表面的RNA去除多(見表3),Ct值也gao(見圖3)

 

表3:和其他幾種清除劑相比,PCR Clean™去除樹脂玻璃表面的RNA后,RNA逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA, 再qPCR測(cè)定Ct值

 

 

 

圖3:使用不同的清除劑,從樹脂玻璃®中去除RNA后,RNA再逆轉(zhuǎn)錄并進(jìn)行qPCR擴(kuò)增

 

 

 

 

結(jié)論

 

我們研究的結(jié)果顯示,PCR Clean™對(duì)來自所有檢測(cè)表面的DNA擴(kuò)增片段,質(zhì)粒、基因組DNA和RNA污染的去除,是極為有效的,而且起效很快。去除結(jié)果還顯示,相比于其他常見的DNA清除劑,比如分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室常用的乙醇、異丙醇或洗潔精,PCR Clean™的去除效果和效率都具有明顯的優(yōu)勢(shì)。因此,在PCR反應(yīng)前后,經(jīng)常使用PCR Clean™,會(huì)非常便捷,可理想地保持干凈的工作區(qū)域,而這對(duì)于分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室和PCR工作臺(tái)都是非常重要的,因?yàn)樗晒?jié)省時(shí)間和支出。

 

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